The Advantage, SRSLY
- cfDNA, FFPE DNA, 극손상 극소량 샘플, 1st cDNA(RNA-Seq), Bisulfite Converted DNA(Methyl-Seq)를 사용하여 Library prep 하기에 적합합니다.
- ClaretBio사의 SRSLY Kit는 single strand 상태에서 DNA Library prep이 진행되기 때문에 Double strand기반의 adapter ligation방식에서 유실될 수 있는 ssDNA, damaged dsDNA등을 회수하여 높은 효율로 library prep진행 가능합니다.
- ClaretBio사의 SRSLY Kit는 single strand 상태에서 DNA Library prep이 진행되기 때문에 Double strand기반의 adapter ligation방식에서 유실될 수 있는 ssDNA, damaged dsDNA등을 회수하여 높은 효율로 library prep진행 가능합니다.
- 수율이 높습니다.
- 수율이 높기 때문에 동일한 양의 시료 사용 시, 원하는 최종 농도를 얻기 위해 타제품보다 PCR cycle 수를 줄일 수 있어 보다 양질의 데이터 생산을 기대할 수 있습니다.
- 실제 국내 테스트에서도 극소량의 input 양으로도 안정적인 library를 얻은 다수의 사례가 있습니다.
- 전체 과정이 2시간 30분 정도로 Workflow가 매우 간단하고 사용이 쉽습니다.
- 최종 Adapter 구조가 TruSeq과 동일하며, 분석 시 추가 Trimming 과정이 필요 없습니다.
- 최종 adapter 구조가 Illumina TruSeq과 동일하며, 추가적인 random sequence를 사용하지 않기 때문에 NGS run 진행 시 Q30에 영향이 없으며, trimming 과정도 필요 없어 추가로 버려지는 data도 없습니다.
- UMI 모듈 이용이 가능합니다.
- 기본적으로 최종 포맷은 dual index의 illumina adapter 구조를 지원하며, 필요 시 UMI 모듈(10bp)을 추가할 수 있어 Rare Mutation 분석 목적이 있을 경우 적용 가능합니다.
'짧은 cfDNA fragments'와 그 '말단'
현재의 상업용 library prep kit들은 전체 그림을 제공하지 않고, 바로 이야기의 중간 지점으로만 뛰어듭니다. 시작과 끝 부분의 내용은 버려지고 있습니다.
체액에서 순환하는 cfDNA는 최소한의 침습적 샘플링을 통해 얻어진 후 NGS(Next-generation Sequencing) 분석을 통해 질병 상태에 대한 풍부한 정보를 제공합니다.
Figure 1.에서 볼 수 있듯, cfDNA는 무작위적이지 않게 절단되어 보이는 주요한 뉴클레오솜의 흔적(footprints)(~167bp)으로, 전사(transcription) 인자 및 DNA 결합 단백질 복합체(~30-100 bp)와 같은 더 작은 생물학적 구조로 보호되는 영역도 관찰됩니다.
cfDNA 단편 말단의 지놈 상의 위치 정보는 종양 기원 조직의 바이오 마커로서 그 잠재적 유용성이 점점 더 높이 평가되고 있지만, Double-stranded DNA library prep kit 들은 native 말단 또는 더 작은 cfDNA fragments를 캡처하도록 설계되지 않았습니다.
SRSLY의 WORKFLOW는 얼마나 간단한가요?
SRSLY WORKFLOW 소요 시간은 2.5 시간 미만입니다.
여러분이 사용하고 계시는 Library의 성능은 어떻습니까?
건강한 사람으로부터 2 개의 cfDNA 시료(샘플 1, 샘플 2)을 얻어 세 개의 상용 NGS 키트와 SRSLY 성능을 비교했습니다. 결과는 SRSLY metrics가 일반적으로 사용되는 키트에 대해 경쟁력이 있고, 오히려 그 성능을 압도한다는 것을 보여줍니다.
SRSLY는 일반적인 dsDNA prep 보다 더 짧은 fragments를 많이 회수하고, 타사의 ssDNA prep 방식에서 필수적으로 진행되었던 ~10bp의 데이터 Trimming을 진행할 필요가 없어 최종 데이터의 추가 손실 없이 DNA정보를 유지합니다(Swift Biosciences 기술 자료: Accel-NGS 1S Plus 및 Methyl-Seq Tail Trimming).
극소량의, 민감한 cfDNA에서 과연 유의미한 것들을 찾아낼 수 있을까요?
SRSLY(Single Reaction Single-stranded LibrarY) kit을 사용하면, DNA end repair 과정 없는 신속한 library prep을 통해
• 높은 효율의 ligation
• 더 넓은 범위의 분자 회수
• Native ends의 retention
이 가능해집니다.
SRSLY Kit은 극소량의 input DNA (100 pg – 2 ng) 사용으로 복잡한 라이브러리를 생성하도록 엔지니어링 된 라이브러리 prep으로, 다양한 형태의 핵산 상태(duplexed, nicked, 또는 single-stranded)를 모두 회수할 수 있으며, 가장 짧은 fragments도 최종library에 포함되도록 합니다.
기존 dsDNA Library prep 을 사용할 경우 어떤 것들이 손실될까요?
Single-Stranded 접근 방법은 library prep을 어떻게 개선하나요?
초기에 ancient DNA 용으로 개발된 NGS library prep 기술인 single-stranded 접근 방식은 극소량의 input DNA를 처리할 수 있습니다.
기존 dsDNA library prep 방법에 비해 짧고 성능이 저하된 DNA fragment의 회수율을 개선하여 library 복잡도와 수율을 높입니다. 따라서 cfDNA 및 FFPE와 같은 기타 손상도가 높은 임상 샘플에 이상적입니다.
Single-Stranded 접근 방법은 더 짧은 fragments를 캡처하는데, 특히 SRSLY Kit의 경우, End Repair 과정 없이 native ends정보를 직접 분석할 수 있기 때문에, 개선된 fragmentomic 분석 및 임상적 유용성을 위해 지놈 상의 좌표를 보다 정확하게 결정할 수 있는 정보를 얻을 수 있습니다.
SRSLY는 뉴클레오솜 위치 및 전사(transcription) 인자 binding의 분석을 원활하게 합니다.
KIT CONTENTS
