Hi-C 데이터 분석 서비스 – Dovetail Analysis Portal
Dovetail Genomics의 Hi-C 키트로 얻어진 데이터는 Dovetail Analysis Portal을 통해 분석할 수 있습니다.
Dovetail Analysis Portal(DAP)은 LinkPrep™, Micro-C, HiChIP, Pan Promoter Capture 등 Dovetail Genomics의 Hi-C 기반 라이브러리에서 생성된 NGS FASTQ 파일을 간편하고 빠르게 분석할 수 있는 통합 분석 플랫폼입니다.
Portal을 통해 복잡한 바이오인포매틱스 파이프라인 구축 없이도 3D 크로마틴 구조 분석, 후성유전학(Epigenetics) 연구, 체세포 변이 검출(Somatic Variant Calling) 등 다양한 분석을 수행할 수 있으며, 분석 결과는 interactive한 데이터 시각화와 함께 제공됩니다.
강력한 Hi-C 데이터 분석 서비스를 체험해 보시고, 크로마틴 구조 분석을 통해 유전자 조절 메커니즘의 해답을 찾으시길 바랍니다.
주요 특장점
1. 쉽고 빠른 분석 워크플로우
– 간편한 데이터 접근: FTP를 통한 데이터 업로드 후, Portal에서 바로 결과를 다운로드하고 확인할 수 있습니다.
– 빠른 분석 속도: 후성유전학 연구를 위한 분석 시간을 획기적으로 단축시켜, 연구 효율을 극대화합니다.
– 전문 지식 불필요: 복잡한 바이오인포매틱스 파이프라인을 직접 구축할 필요 없이, 프로젝트 매니저의 지원을 받아 누구나 손쉽게 분석을 수행할 수 있습니다.
2. interactive한 데이터 시각화
– 실시간 데이터 브라우징: Portal 내에서 직접 분석 결과를 탐색하고 시각화할 수 있는 인터랙티브 기능을 제공합니다.
– 주요 지표 리포트: 분석 품질을 빠르게 평가할 수 있는 핵심 메트릭과 HTML 형식의 종합 리포트를 제공합니다.
3. 다양한 분석 옵션
Portal은 연구 목적에 따라 다음과 같은 Primary Analysis와 Secondary Analysis를 지원합니다.
Primary Analysis
– Whole Genome Epigenetics: A/B Compartment, TAD(Topologically Associating Domains), Chromatin Loop 분석
– Pan Promoter Capture Epigenetics: Promoter 중심의 Loop 분석
– HiChIP Epigenetics: 단백질-DNA 상호작용 기반 Loop 분석
– Somatic Variant Calling: SNP, InDel, CNV, SV 등 체세포 변이 검출 (Human Only)
분석 워크플로우
Step 1. 데이터 준비 및 업로드
– Dovetail LinkPrep™, Micro-C, HiChIP, Pan Promoter Capture 키트로 생성한 FASTQ 파일을 준비합니다.
– 인디엔에이 담당자와 협의하여 FTP 사이트를 통해 데이터를 업로드합니다.
Step 2. 분석 의뢰 및 실행
– 분석 샘플 제출 양식(Sample Submission Form)을 작성합니다.
– 분석 실행 후 완료 시 알람을 받습니다.
Step 2. 결과 확인 및 다운로드
– 생성된 계정으로 로그인하여 분석 결과를 확인합니다.
– 요약 리포트, 다운로드 가능한 아카이브 파일, 인터랙티브 데이터 브라우징 기능을 이용할 수 있습니다.
분석 결과 산출물
Portal은 분석 유형별로 다음과 같은 다양한 형식의 결과 파일을 제공합니다.
Whole Genome Epigenetic Analysis
– Matrix files: .hic, .cool, .mcool
– Alignment files: .bam, .bai
– Valid pairs files: .gz, .px2
– AB compartment calls: .ab, .bed, IGV indexed files
– TAD calls (Arrowhead, 5/10/25kb): .txt, .bed.gz
– Loop calls (Mustache/Hiccups, 5/10kb): .tsv, .bedpe
– HTML 종합 리포트
Pan Promoter Capture Epigenetics
– Matrix, Alignment, Valid pairs files
– Enrichment stats: .txt
– Chicago analysis files (10/20kb): .ibed, .txt, .png
– HTML 리포트
HiChIP Epigenetics
– Matrix, Alignment, Valid pairs files
– FitHiChIP loop calls: .ibed, .txt, .png (tar.gz로 패키징)
– HTML 리포트
Differential Analysis
– Differential analysis results: .txt, .bed
– GO Pathway analysis results: .txt
Portal을 통한 Epigenetic 분석
Data Type Genomic coverage # Read Pairs
(2 x 150 bp)# Of Libraries
Per SampleEpigenetic Analysis Optional Add-on Topological Feature
Whole Genome Data
(LinkPrep or Micro-C)30X 300M-350M 1-2 Whole Genome Epigenetics Differential Analysis A/B compartments, TADs, Limited loop calling
80X 800M-950M 3-4 A/B compartments, TADs, Loops
Pan Promoter Capture Data N/A 150M-300M 1 Pan Promoter Capture Epigenetics Differential Analysis Loop calls
HiChIP Data N/A 300M 2 HiChIP Epigenetics Differential Analysis Loop calls