Claret Bioscience SRSLY

Claret Bioscience

한국 공식 대리점

SRSLY^® – Single Reaction Single-stranded DNA Library Kit

훼손된 시료를 위한 최적의 선택

SRSLY는 제한된, 또는 훼손된 시료로부터 다양한 라이브러리를 생성하도록 설계된 간단하고 효율적인 ligation 기반의 single-stranded DNA library preparation 방법입니다. SRSLY는 완전한 double-stranded DNA 분자를 복원합니다. 닉(nicks)을 포함한 경우에도 대부분의 NGS 라이브러리 준비 키트에서 액세스할 수 없는 single-stranded DNA 분자를 회복합니다. 또한, DNA cleanup 과정에서 사용자가 짧은 fragments의 대부분을 유지하거나 제거할지를 결정할 수 있는 선택의 자유를 제공합니다. 이 모든 작업은 시료부터 시퀀서까지 3시간 이내에 완료되며, 세포 외의 DNA 분자의 원래 말단은 변경되지 않습니다.

WHY SRSLY

SRSLY는 제한된, 또는 훼손된 시료로부터 다양한 라이브러리를 생성하도록 설계된 간단하고 효율적인 ligation 기반의 single-stranded DNA library preparation 방법입니다. SRSLY는 완전한 double-stranded DNA 분자를 복원합니다. 닉(nicks)을 포함한 경우에도 대부분의 NGS 라이브러리 준비 키트에서 액세스할 수 없는 single-stranded DNA 분자를 회복합니다. 또한, DNA cleanup 과정에서 사용자가 짧은 fragments의 대부분을 유지하거나 제거할지를 결정할 수 있는 선택의 자유를 제공합니다. 이 모든 작업은 시료부터 시퀀서까지 3시간 이내에 완료되며, 세포 외의 DNA 분자의 원래 말단은 변경되지 않습니다.

SRSLY의 독특한 분자 및 정보적 특징으로 다양한 유형의 input DNA에 적용할 수 있습니다.

HOW SRSLY WORKS

SRSLY는 제품의 분자 및 정보적 특징으로 인해 다양한 input과 호환 가능합니다. SRSLY는 먼저 모든 입력 분자를 novel splint adapters와 연결하기 전에 단일 가닥으로 만듭니다. 이 기능을 통해 이중 결합 혹은 이중 가닥 합성(duplex hybridization or second strand synthesis) 없이 합성 올리고 뉴클레오타이드 및 첫 번째 가닥 cDNA 산물을 곧장 시퀀싱 할 수 있습니다. 이것은 또한 FFPE와 ancient DNA(aDNA) 샘플에 종종 영향을 미치는 DNA nicks 및 labile lesions 같은 template 분자를 회복합니다. 둘째로, SRSLY는 end-polishing을 생략함으로써 각 template 분자의 native 5′ 및 3′ ends를 보존하는 directional preparation method로, 이 기능은 non-random 한 DNA fragmentation이 중요한 생물학적 정보를 반영하는 cell-free DNA(cfDNA)의 fragmentomic 분석을 개선합니다. 마지막으로, SRSLY는 DNA template 모든 형태와 크기로 제공되는 것을 반영하기 때문에 사용자가 짧은 DNA 단편의 상당 부분을 capture 할 수 있는 옵션을 제공합니다. SRSLY는 법의학 및 고대 DNA 샘플과 같이 까다로운 input 유형 및 DNA 결합 단백질, 미토콘드리아 및 미생물 DNA에서 유래한 DNA를 풍부하게 하려는 cfDNA 연구자들에게 매우 강력한 도구입니다.

Product Specifications

– DNA부터 Illumina^® 시퀀스 ready 라이브러리까지 2.5 시간
– single 및 dual 인덱싱, unique molecular identifier(UMI) 통합을 위한 옵션 제공
– Single reaction 및 최소 시약 사용은, 에러로 인한 실패와 bench time을 줄입니다.
– 50 bp 미만의 fragments를 보존하기 위한 추가 프로토콜

HOW SRSLY COMPARES

CELL-FREE DNA CASE STUDY

Method – 두 개의 건강한 cfDNA 추출물로부터 시퀀싱 라이브러리를 생성했습니다. SRSLY와 3가지의 상용 라이브러리 preparation 방법 간의 결과를 비교했습니다.

SRSLY 라이브러리는 높은 DNA 수율을 생성하여 시퀀싱 전에 downstream manipulations에 있어 사용자에게 더 많은 유연성을 제공합니다.

Post Index PCR Yields and Mapping Statistics 비교

SRSLY 라이브러리는 정확도를 유지하면서 더 많은 짧은 fragments를 보존합니다. SRSLY의 매핑 성능은 시장에서 최고 수준의 키트들과 견줄 수 있습니다. 이는 SRSLY가 다른 키트보다 더 많은 비율의 short inserts(30-100 bp)을 포착함으로써, 연구자들이 짧은 cfDNA 단편에 담긴 생물학 정보를 활용할 수 있도록 돕습니다.

SRSLY 라이브러리는 cfDNA에 대한 예상된 GC 커버리지를 생성합니다. cfDNA는 gDNA에 비해 GC 풍부한 서열을 더 많이 보유하고 있는 것으로 알려져 있습니다.

SRSLY는 복합 라이브러리를 생성합니다. SRSLY를 사용하여 native termini를 유지한다는 것은 라이브러리 복잡성을 포기해야 한다는 것을 의미하지 않습니다. SRSLY는 최고의 상용 키트와 동등 수준의 복합 라이브러리를 생성하여, 1 ng의 입력을 최대한 활용할 수 있도록 보장합니다.

BIOLOGICAL DISCOVERY, SRSLY

혈장 cfDNA에서 추출된 대부분의 DNA 단편은 길이가 약 167 base-pairs(bp)인 것으로 알려져 있으며, 이는 DNase I가 노출된 뉴클레오솜에 결합된 DNA의 작은 홈(minor groove)을 절단하여 생기는 인식된 톱니모양 패턴으로 10.4 bp의 패턴을 갖고 있습니다. 또한, 혈장 cfDNA에서 유래된 DNA는 transcription factors, 다른 DNA 결합 단백질, 미토콘드리아 DNA 및 미생물 유래 DNA의 흔적을 갖고 있는 짧은 길이의 유용한 소수의 DNA 단편(30-100 bp)을 포함하고 있으며, 이 모든 것이 cfDNA 서열 데이터에 중요한 detail을 더합니다.

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