Dovetail® Targeted Enrichment Panels
What is Target Enrichment?
NGS는 유전체 전반적인 유전 정보를 포착하는 매우 강력한 도구입니다. 그러나 보다 타깃팅된 실험 수행은 시퀀싱 라이브러리를 pre-selected 유전체 영역을 타깃으로 하는 캡처 프로브에 하이브리다이제이션(hybridizing)하여, 시퀀싱 전에 캡처된 이중 서열을 “pulling down”함으로써 수행할 수 있습니다. 이로써 라이브러리가 향상되고, 결과적으로 타깃팅 된 영역의 서열 커버리지 목표를 충족하기 위해 필요한 시퀀싱 양이 줄어듭니다.
Target Enrichment Applied to Proximity Ligation
Targeted enrichment는 Hi-C 캡처를 위해 라이브러리(proximity ligation libraries) 함께 사용될 수 있습니다. 하지만 부정확하게 분포된 제한 부위로 인한 라이브러리 바이어스는 enrichment panel 설계 과정에서 고려되어야 하는데, 이는 이러한 바이어스가 최종 라이브러리의 커버리지의 바이어스를 유발할 수 있기 때문입니다. Dovetail® Micro-C 및 Omni-C® 라이브러리는 이러한 바이어스 소스를 제거하기 위해 서열 독립적 뉴클레아제(nucleases)를 사용하므로 표준적인 설계 원칙을 적용할 수 있습니다. 많은 종류의 다른 targeted enrichment 패널이 Dovetail®의 키트와 호환되지만, Dovetail® Pan Promoter Enrichment 패널은 유전자 프로모터 부위에서 앵커로 고정된 크로마틴 위상(topology) 연구를 위해 특별히 설계되었습니다.
Available Enrichment Panels
Dovetail® Pan Promoter Enrichment Panels는 인간 84,000개, 쥐 47,000개 이상의 프로모터 시퀀스를 대상으로 하며, 프로모터 랜드스케이프의 포괄적인 커버리지를 제공합니다. 이 포괄적인 설계는 알려진 프로모터 부위에서 고정된 상호작용을 유도하여 promoter-enhancer, promoter-promoter contact와 같은 프로모터별 상호작용을 탐지할 수 있도록 합니다.
98% 이상의 인간과 쥐의 프로모터 영역을 커버하는 Dovetail® Pan Promoter Enrichment 패널은 알려진, 그리고 알려지지 않은 프로모터와 상호작용하는 원격 규제 요소(distal regulatory elements)를 조사하고 발견하기에 최적화 되어있습니다. 인간용 설계는 27,000개 이상의 코딩 및 비코딩 유전자와 관련된 80,000개 이상의 프로모터를 커버하며, 쥐용 설계는 24,000개의 코딩 및 비코딩 유전자와 관련된 47,000개 이상의 프로모터를 커버합니다.
표준 Hi-C 방법은 일반적으로 5kb 이상의 고해상도로 크로마틴(chromatin) 루프를 call하여 프로모터 상호작용을 감지할 수 있습니다. 이러한 call을 지원하기 위해 충분한 read depth를 확보하려면 10억 개 이상의 reads가 필요합니다. Dovetail® Pan Promoter Enrichment 패널은 프로모터 영역의 커버리지를 저해하지 않으면서 시퀀싱 양을 10배로 줄입니다.
Targeted 접근 방식은 신호 대 잡음 비율(SNR)을 향상시켜 전반적인 라이브러리 복잡성을 감소시킵니다. 이로써 관심 있는 contacts의 대표성을 높이고 전반적인 배경 신호를 줄입니다. 결과적으로, 시퀀스의 더 효율적인 사용과 관심 영역 내의 contacts에 대한 더 큰 근거를 얻을 수 있습니다.
Associated Dovetail® Kits
Dovetail® Micro-C Kit
Dovetail® Pan Promoter Enrichment Kit
Dovetail® Library Module for Illumina
Dovetail® Dual Index Primer Set #1 for Illumina
Specifications
| Item | Content |
|---|---|
| Reactions | 4 with up to 8 libs multiplexed/rxn |
| Validated Samples | Human or Mouse/span |
| Maximum # Libraries | 32 |
| Compatible Kits | Dovetail Omni-C & Micro-C Kits |
| Module 1 of 3 – content | Streptavidin Binding Beads DNA Purification Beads Binding Buffer Wash Buffer 1 Wash Buffer 2 |
| Module 1 of 3 – storage | 2˚C to 8˚C |
| Labeling | For Research Use Only |
| Module 2 of 3 – storage | -25˚C to -15˚C |
| Module 2 of 3 – content | Universal Blockers Blocker Solution Hybridization Mix Hybridization Enhancer Amplification Primers Capture Amplification Mix |
| Module 3 of 3 – storage | -25˚C to -15˚C |
| Module 3 of 3 – content | Pan Promoter Panel |