Dovetail® HiChIP MNase Kit
Targeted 3D Topology에 적합합니다.
See your ChIP-seq Data in a Whole New Dimension
유전체 상호작용은 중요합니다. 기존 ChIP-seq으로는 선형 공간에서만 크로마틴 정보를 얻을 수 있고, 이는 enhancer/promoter 상호작용 및 단백질에 의해 조절되는 크로마틴 아키텍처가 유전자 발현을 어떻게 조절하는지에 대한 새로운 통찰을 얻는 데 필요한 모든 세부 정보를 얻지 못할 수 있음을 의미합니다. HiChIP는 ChIP-seq 데이터에 3D 부스팅을 제공하여 데이터를 새로운 차원으로 확장할 수 있게 합니다. 조형 접촉 정보(conformation contact information)를 사용하여 규제 요소(regulatory elements)와 규제 요소 간의 공간적 관계가 유전자 발현에 어떤 영향을 미치고, 질병 진행을 어떻게 촉진시키는지 탐색하세요.
Get Nucleosome-Level Resolution…
… or 3D data at a fraction of the cost
초고해상도가 필요하지는 않지만 시퀀싱 비용을 절약할 방법을 찾고 계신가요? Dovetail® HiChIP MNase 키트는 더 높은 신호 대 잡음 비율(SNR)로 데이터를 생성하여 read depth의 일부분으로 루프 및 크로마틴 상호작용과 같은 더 높은 크로마틴 특징을 평가할 수 있습니다.
simple, Reproducible Workflow in an Easy-to-Use Kit
단 2.5일 만에 시퀀스를 시작할 수 있습니다. Dovetail® Genomics의 키트는 즉시 사용 가능하기 때문에, 프로토콜 최적화나 시약 검증에 시간을 투자할 필요가 없습니다. 새로운 이중 크로스링킹(dual-crosslinking) 접근 방식은 장거리 상호작용 및 라이브러리 복잡성에 대해 강력한 캡처를 제공하여, 뉴클레오솜(nucleosomes)부터 메가베이스(megabases)까지의 크로마틴 상호작용을 분석할 수 있습니다. 게다가 MNase를 사용하면 샘플을 소니케이트할 필요가 없어 실험 변동성의 주요 원인 중 하나를 제거할 수 있습니다.
Validated Antibodies
Dovetail® Genomics은 본 키트로 다음의 항체들에 대한 검증을 마쳤습니다.
| Dovetail® HiChIP Validated Antibody | Supplier | Part Number |
|---|---|---|
| IgG | Cell Signaling | 2729 |
| CTCF | Cell Signaling | 3418 |
| H3K4ac | Active Motif | 39381 |
| H3K4me3 | Cell Signaling | 9751 |
| H3K14ac | Cell Signaling | 7627 |
| H3K27 | Cell Signaling | 8173 |
| H3K27me3 | Cell Signaling | 9733 |
| Dovetail® HiChIP Validated Antibody | Supplier | Part Number |
|---|---|---|
| H3K36me3 | Cell Signaling | 4909 |
| Oct4 | Cell Signaling | 2890 |
| Sox2 | Cell Signaling | 23064 |
| Klf4 | Abcam | ab106629 |
| Nanog | Abcam | ab21624 |
| PolII | Abcam | ab26721 |
Associated Dovetail® Kits
Dovetail® HiChIP MNase Kit
Dovetail® Library Module for Illumina
Dovetail® Dual Index Primer Set #1 for Illumina
Specifications
| Item | Content |
|---|---|
| Reactions | 8 |
| Validated Samples | Mammalian cells |
| Applications | Protein directed chromatin conformation, gene-regulation & discovery of novel enhancers and super-enhancers |
| Module 1 of 2 – storage | 2°C to 8°C |
| Module 1 of 2 – content | TE Buffer, pH 8.0 10x Wash Buffer TWB Solution 2x NTB Solution NWB Solution Protein A/G Beads 10x Crosslink Reversal Buffer Streptavidin Beads 10x RBC Lysis Buffer 20% SDS |
| Technique | Hi-C, ChIP-seq |
| Labeling | Research Use Only |
| Module 2 of 2 – storage | -30°C to -10°C |
| Module 2 of 2 – content | MNase Enzyme Mix 10x Nuclease Digest Buffer 100 mM MgCl2 0.5 M EGTA End Polishing Enzyme Buffer End Polishing Enzyme Mix Intra-Aggregate Ligation Buffer Intra-Aggregate Ligation Enzyme Mix Bridge 5x Bridge Ligation Buffer T4 DNA Ligase Proteinase K 250 mM DTT HotStart PCR Ready Mix |