손상도 높은 FFPE DNA의 NGS Library Prep 시 발생되는 문제
일반적인 NGS Library Prep 방식으로 손상도 높은 소량의 FFPE DNA 시료의 Library를 제작할 경우,
- 일반 gDNA 시료에 비해 제작 효율이 매우 떨어져,
- DNA 사용량을 늘리거나 PCR cycle을 과도히 늘려야 했고,
- Library 제작 과정에서 대부분의 시료가 손실되어
결국 유의미한 정보를 얻기 어려웠습니다. 특히 WGBS(Whole Genome Bisulfite Sequencing)의 경우, 손상된 시료는 ‘QC fail’로 라이브러리 진행이 어려웠기 때문에, 손상된 시료에서는 후성유전체(Epigenome) 데이터를 얻기 어려웠습니다.
높은 효율의 NGS Library Prep 서비스
당사는 손상도가 높은, 적은 input의 FFPE DNA 시료를 효율적으로 활용하여 유전체 및 후성유전체를 위한 NGS DNA Library 제작 서비스를 제공합니다.
환자의 장기간에 걸친 임상 정보가 축적되어 있어 임상적으로 매우 중요한 가치를 지니는 FFPE DNA 시료 중, ‘손상 정도가 높고, 정량값이 낮은 샘플들’은 활용되지 못한 채 보관되어 있는 경우가 많습니다.
당사의 랩 서비스를 통해 이전에 활용되지 못했던 임상 시료로부터 유의미한 데이터를 얻어 연구에 적극적으로 활용해 보시기 바랍니다.
A. 손상되지 않은 DNA 시료의 Gel 이미지 B. 손상된 DNA 시료의 Gel 이미지
정상적인 Library의 기대 size에서 main peak 확인됨 (약 50ng FFPE DNA 사용)
정상적인 Library의 기대 size에서 main peak 확인됨 (약 100ng FFPE DNA 사용)
* 당사 2022-2023 중소벤처기업부 R&D 과제 데이터